1、买卖时间：柜台记账式债券在上市交易后可随时买卖。而凭证式国债只有在规定的发行期内方可买到。

　　2、流动性：同一支柜台记账式债券可多次买卖，流动性强；同一支凭证式国债只能到商业银行提前兑取（一次性），不可能再买入。

　　3、保管方式：凭证式国债的凭证由客户自行保管，易遗失。柜台记账式债券记载在债券账户中，交易方便。

　　4、付息方式：记账式有两种付息方式：每年付息一次或半年付息一次；凭证式到期按照票面利率还本付息。

　　5、收益水平：凭证式收益率固定，即票面利率；记账式国债长期持有则收益固定，若进行买卖则可随价格变动而变动，预期判断准确者可获得额外收益。

　　6、风险程度：凭证式利率不变，遇市场利率变动时可能导致相对收益下降；记账式价格随市场变化而变化，收益率相应变化，可提前卖出来降低风险。